Фамилия Яйцеголовкин — редкий случай, когда корень вызывает улыбку, но происхождение куда прозаичнее, чем кажется. Основа здесь — прозвище Яйцеголова или Яйцеголовка. В русских говорах так могли назвать человека с круглой, гладкой, яйцевидной формой головы, без намёка на современные мемы и аллюзии. Прозвища по форме черепа или причёске — обычное дело в XV–XVII веках: Голован, Лысый, Кудрявый. Яйцеголовка — просто точная бытовая характеристика.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: чей? — Яйцеголовкин, то есть сын, потомок или человек из семьи Яйцеголовки. Это типичная русская модель от прозвищ на -а/-я: Борода — Бородкин, Сирота — Сироткин. Окончание -ин, а не -ов, тоже характерно для основ на мягкий согласный или -а. Фамилия могла возникнуть в северных и центральных губерниях, где такие суффиксы особенно распространены.

Версия, что фамилия связана с яйцом как продуктом или с птицеводством, менее вероятна. Прозвище Яйцо в старину бытовало (отсюда Яйцов, Яичников), но Яйцеголовка — составное слово, где вторая часть («голова») явно описывает человека, а не товар. Спорных гипотез здесь нет: ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) относят подобные фамилии к группе прозвищ по внешности.

Известных носителей в истории не зафиксировано — фамилия осталась редкой, локальной. Скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми, поскольку прозвища такого типа редко встречались у дворянства, которое чаще брало фамилии от вотчин или имён. В современных справочниках Яйцеголовкин почти не встречается, что делает её своеобразным лингвистическим раритетом.