Фамилия Языненкова — женская форма от Языненков, и её разумнее всего рассматривать в паре с мужским вариантом. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Языня. Суффикс -енков указывает на северный или центральный регион происхождения, чаще всего на земли бывшего Московского государства, где такие патронимы (отчества, перешедшие в фамилии) были особенно распространены в XVI–XVII веках.

Корень «язык» в русских прозвищах многозначен. Языней могли назвать болтливого человека, острослова, сплетника или того, кто «языкат» — дерзок на слово. Но не стоит исключать и более древний, бытовой смысл: «язык» как пленный, от которого можно получить сведения. В разбойничьей или военной среде такое прозвище мог получить бывший пленник или, наоборот, человек, умевший добывать сведения. Правдоподобнее первая версия — прозвище по черте характера, так как фамилия образована через уменьшительно-ласкательный суффикс -ня, что типично для личных имён и прозвищ (Кузьма — Кузя, Иван — Ваня, Язык — Языня).

Модель Языненков — это «сын Языни». Суффикс -енков характерен для фамилий, возникших в среде служилых людей, крестьян и посадских в зоне влияния московских говоров. В южнорусских и украинских землях та же основа дала бы фамилию Языненко. Встречается и вариант Языньков — с усечением суффикса, но форма через -енков считается более архаичной и точной.

С точки зрения сословной принадлежности, носители фамилии Языненковы, скорее всего, относились к крестьянству или однодворцам. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фигурирует, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение. Ударение, судя по типовой модели, падает на второй слог: Язы́ненкова, хотя в бытовой речи возможны смещения.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Языков, Язычков — показывает, что Языненков стоит особняком: суффикс -енков в сочетании с уменьшительной основой встречается реже, чем просто «Языков» (от прозвища Язык). Это делает фамилию более локальной и ценной для генеалогического поиска: круг возможных предков сужается до определённых уездов, где бытовала именно такая словообразовательная модель.