Фамилия Йёбеньев — редчайший случай в русской ономастике, и её разговор начинается не с корня, а с написания. Буква «ё» в начале слова и твёрдый знак в середине (если не опечатка) сразу указывают на то, что перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычной основы. Скорее всего, это русификация финской, карельской или, что вероятнее, немецкой фамилии с начальным «Jöb-» или «Jeb-». В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии нередко записывали на слух, отсюда и экзотическое сочетание букв.

Если отбросить графику, словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного) указывает на принадлежность. Йёбеньев — буквально «сын Йёбеня» или «человек из рода Йёбеня». Сама основа «Йёбень» (или «Ебень» без йотации) может восходить к немецкому прозвищу Jöbe, которое в диалектах означало «шустрый», «вертлявый», либо к топониму — например, к названию местности Jöben в Саксонии или Восточной Пруссии. Версия с финским корнем «jöbä» (нечто округлое, холм) менее убедительна для фамилии на -ев, характерной для русского крестьянства и мещанства.

Второй, более спорный вариант — связь с диалектным русским глаголом «ебенить» (в некоторых говорах — «бить», «колотить», «сильно делать»). Однако такая этимология маловероятна: во-первых, фамилии от подобных основ обычно оформляются суффиксом -ин (Ебенин), во-вторых, начальное «Й» в русских фамилиях почти не встречается, кроме случаев заимствования. Если бы фамилия была исконной, она писалась бы как Ебеньев.

Географически фамилия Йёбеньев могла закрепиться среди обрусевших немцев Поволжья или в среде финно-угорских народов северо-запада России (например, в бывшей Олонецкой губернии). В дореволюционных метрических книгах такие фамилии часто искажались до неузнаваемости, поэтому нынешняя форма — результат поздней унификации написания паспортными столами.

Сословная принадлежность предков-носителей остаётся неясной: суффикс -ев встречается у крестьян, мещан и духовенства, но в данном случае редкая основа указывает скорее на недавних переселенцев или потомков иностранных специалистов (ремесленников, мастеровых). Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией пока не обнаружено, что подтверждает её крайнюю редкость и локальный характер.