Фамилия Йоденене — редчайший случай для русского языкового пространства. Сразу бросается в глаза её нетипичное окончание: суффикс -ене в русских фамилиях практически не встречается. Это верный признак того, что перед нами не исконно русская фамилия, а литуанизированная форма. Фамилия Йоденене, скорее всего, имеет литовское происхождение и образована по типичной для литовского языка модели.

В литовском языке фамилии женщин часто образуются от фамилий мужчин с помощью суффиксов -ienė (для замужних женщин) или -aitė, -utė (для незамужних). Основа Йоден- восходит к мужской фамилии Йоденас (Jodenas) или, что вероятнее, к Йодис (Jodis). Корень jod- в литовском языке связан с глаголом joti — «ехать верхом». Таким образом, предок носителя этой фамилии мог быть всадником, конным воином или просто человеком, чья жизнь была тесно связана с лошадьми и верховой ездой.

Если же отталкиваться от формы Йоден, то можно предположить, что это вариант фамилии Йодонис, где суффикс -onis указывает на принадлежность к чему-либо или на характерный признак. В таком случае прозвище могло означать «тот, кто ездит верхом» или «лошадник». Географически фамилии с основой Йод- распространены в Литве и в приграничных районах Беларуси, где исторически сильны литовские языковые влияния.

Форма Йоденене — это женский вариант. В русских документах, особенно в советское время, такие фамилии часто фиксировались без изменений, как есть, без склонения по падежам. Поэтому человек с фамилией Йоденене почти наверняка является женщиной, а её муж или отец носил фамилию Йоденас или Йодис. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мелкошляхетской — в среде литовского крестьянства и мелкой шляхты такие прозвища были особенно распространены.