Фамилия Йогуртов — редкий случай, когда слово, лёгшее в основу, взято из чужого языка и почти не изменилось. В русской ономастике фамилии, образованные от названий продуктов, встречаются (Квасов, Сметанин, Киселев), но Йогуртов стоит особняком: само слово «йогурт» вошло в русский обиход только в конце XIX — начале XX века, а массово распространилось и того позже.

Скорее всего, перед нами не древняя крестьянская или боярская фамилия, а относительно поздняя искусственная или семинарская. В духовных училищах и семинариях в XVIII–XIX веках будущим священникам нередко давали фамилии по латинским или греческим корням, а иногда и по необычным бытовым предметам, чтобы выделить ученика. Однако «йогурт» — слово тюркского происхождения (турецкое yoğurt), и в семинарской среде его почти не использовали. Поэтому версия с прозвищем выглядит надёжнее: кто-то из предков мог торговать йогуртом, особенно любить его или, напротив, получить насмешливую кличку за пристрастие к непривычному для русской кухни кисломолочному продукту.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования: от прозвища или профессии отца. Йогуртов — буквально «сын Йогурта», то есть человека, которого окружающие знали как Йогурта. В XIX веке, когда фамилии активно закреплялись за крестьянами и мещанами, такое прозвище могло закрепиться за жителем южных губерний, где турецкое влияние было сильнее, или за человеком, связанным с молочным делом.

Встречается фамилия крайне редко. Найти её носителей можно в основном в центральных и южных регионах России, а также среди потомков эмигрантов. В дореволюционных метрических книгах она почти не фиксируется — это ещё одно подтверждение её позднего происхождения. Со временем необычное звучание могло вызывать удивление, но именно оно и сохранило фамилию в почти неизменном виде, без народной переделки в более привычные формы.