Фамилия Йокса — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не славянское. Фамилия эта явно пришлая, и её корни стоит искать в финно-угорских языках, точнее — в карельском или финском. В основе лежит слово «joksa» или «joksi», что означает «река» или «речной». Таким образом, прозвище Йокса могли дать человеку, жившему у реки, перевозчику или рыбаку. Словообразовательная модель здесь проста: фамилия образована напрямую от прозвища без добавления русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что характерно для фамилий, возникших на северо-западе России, в Карелии и Приладожье, где русское население веками соседствовало с карелами и финнами.

Суффиксальный разбор в данном случае не работает, так как типичного русского патронимического суффикса нет. Фамилия застыла в форме исходного прозвища. Это говорит о том, что она могла закрепиться в среде, где русский язык не был единственным, или же её носитель получил её через перепись, где записали прозвище как есть. Географически фамилия Йокса встречается в основном на территории бывшей Олонецкой губернии, в современной Карелии и Ленинградской области. В центральных и южных регионах России она практически не известна.

Есть и другая, менее вероятная версия, связывающая фамилию с немецким или балтийским корнем. В некоторых диалектах немецкого «Joch» означает «ярмо» или «иго», а суффикс -sa мог быть адаптацией. Однако эта гипотеза слабая: для немецких фамилий такое окончание нетипично, а география бытования Йокса указывает на север, а не на Прибалтику или Поволжье с немецкими колониями. Поэтому версия с финно-угорским «речным» корнем остаётся основной и наиболее правдоподобной.

Социальный статус первых носителей фамилии, скорее всего, был крестьянским или мещанским. В дворянских родословных книгах Йокса не упоминается. Это фамилия простого люда, жившего у воды — карельских рыбаков, охотников или крестьян, чьё прозвище стало родовым именем. Фамилия сохранила редкое для русского уха окончание на -а, что дополнительно подчёркивает её иноязычное происхождение и делает её заметной среди типичных русских фамилий.