Фамилия Йонаитис — характерный пример литовской фамилии, образованной по патронимической модели с суффиксом -aitis. Этот суффикс указывает на происхождение от отца: в дословном переводе Йонаитис означает «сын Йонаса». Основа фамилии — личное имя Йонас, литовский аналог библейского имени Иона (в русской традиции — Иван). Таким образом, этимологически Йонаитис — полный аналог русской фамилии Иванов, польской Яновский или английской Джонсон, но с характерным литовским окончанием.

Суффикс -aitis — один из самых распространённых в литовской антропонимии, особенно в северо-западных регионах Литвы (Жемайтия, Аукштайтия). В отличие от русских фамилий, где патронимический суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность (чей?), литовский -aitis подчёркивает именно родство по прямой мужской линии. В XIX веке, когда происходила массовая фиксация фамилий в литовских деревнях, такие фамилии часто давали сыну, чтобы отличить его от отца с тем же именем.

Интересная деталь: написание через «Й» в начале (а не «Ионайтис» или «Ионайтис») — это точная передача литовской фонетики, где J читается как русское «й». В дореволюционных и ранних советских документах фамилию могли записывать на русский лад — Ионайтис или даже Ионайтыс. Современное написание с «Й» закрепилось в основном в постсоветское время, когда носители стали стремиться к точной передаче оригинальной литовской формы.

Сословная принадлежность первых носителей фамилии — почти наверняка крестьяне. Литовские фамилии на -aitis в массе своей принадлежали сельскому населению, в отличие от дворянских фамилий на -ский. Это не исключает, что отдельные ветви рода могли со временем подняться по социальной лестнице, но исходный корень — простое отчество от имени Йонас, без намёка на ремесло, прозвище или место жительства.