Фамилия Ысабаев — тюркская, и её разбор стоит начать с редкого для русского уха начального звука «Ы», который сразу указывает на казахское или киргизское происхождение. В тюркских языках этот гласный — не буква-исключение, а обычный звук, и фамилии, начинающиеся с него, встречаются в основном у казахов, киргизов, отчасти у башкир и татар. Основа фамилии — мужское имя Ысабай, которое образовано сложением двух частей: «Ыса» (арабское Иса, то есть Иисус в исламской традиции, пророк) и «бай» (тюркское «господин», «богатый», «хозяин»). Таким образом, Ысабай — это «господин, подобный Исе» или «богатый, как пророк Иса», что даёт имя с религиозным и социальным оттенком.

Суффикс «-ев» в фамилии — русский патронимический формант, который добавили при русификации документов в XIX–XX веках. В оригинальной казахской или киргизской форме фамилия звучала бы как Ысабайұлы (Ысабайулы) — «сын Ысабая». При записи в метриках, списках или паспортах советского времени окончание заменили на стандартное «-ев», так как для тюркских фамилий часто выбирали именно этот суффикс (а не, скажем, «-ов»), чтобы сохранить мягкость основы.

Географически фамилия Ысабаев наиболее распространена в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди казахов, живущих в приграничных районах России (Астраханская, Оренбургская области). Встречается и у киргизов, но реже. Носители фамилии — потомки человека по имени Ысабай, который, судя по составу имени, мог быть уважаемым старейшиной, зажиточным скотоводом или религиозным авторитетом в ауле.

В написании фамилии возможна путаница: в русских документах её часто записывают как Исабаев, заменяя начальное «Ы» на «И», что стирает оригинальное произношение. Разница принципиальна: «Ы» — твёрдый, глубокий звук, и для носителя языка фамилии Ысабаев и Исабаев звучат по-разному. Если ваш предок носил именно «Ы», это надёжный маркер казахской или киргизской среды, где имя Ысабай было нередким в XIX веке. Других версий происхождения — от нарицательных слов или географических названий — нет, так как корень «ыса» вне имени собственного в тюркских языках почти не встречается.