Фамилия Йсаханян — редкий случай, когда написание сразу указывает на исходное имя. В отличие от более привычных Саркисян, Арутюнян или Петросян, здесь начальная буква «Й» — не орфографическая случайность, а прямое отражение армянского произношения. В армянском языке имя Исаак звучит как «Сак» или «Исак», а его полная форма с начальным йотированным гласным дала основу Йсахан. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — стандартный патронимический показатель, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». Таким образом, Йсаханян — буквально «потомок Йсахана», где Йсахан — это армянская народная форма библейского имени Исаак.

Имя Исаак (евр. «он засмеётся») в армянской традиции давали в честь ветхозаветного патриарха, и оно было широко распространено. Однако фамилия Йсаханян встречается заметно реже, чем, скажем, Исаакян или Сакян. Это может говорить о том, что её носители происходят из локальной группы или диалектной зоны, где закрепилась именно такая произносительная норма. В западноармянских диалектах, например, имя Исаак нередко звучало как «Исак» с твёрдым началом, а форма с «Й» характерна для восточных говоров, особенно в регионах исторической Армении — Васпуракане или Сюнике.

Социальный состав носителей фамилии, скорее всего, не выделялся из общей массы армянского крестьянства и ремесленников. В отличие от фамилий на -янц, которые иногда указывали на принадлежность к духовенству или знатному роду, Йсаханян — рядовая патронимическая фамилия, образованная от личного имени предка. Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении или особом сословном статусе этой фамилии нет.

В современной России и Армении фамилия Йсаханян остаётся малочисленной. Её написание с буквой «Й» часто вызывает вопросы при заполнении документов: в русском языке начальное «Й» перед согласной нетипично, поэтому в бытовой записи фамилию могут искажать до «Исаханян» или «Йисаханян». Тем не менее, именно такой вариант — с йотированным началом — наиболее точно сохраняет исходное армянское звучание и служит маркером диалектной традиции, из которой вышли предки.