Фамилия Ысакулова — яркий пример того, как русская словообразовательная модель наложилась на тюркское имя. Если отбросить окончание -а (женский род), то в основе лежит мужская форма Ысакулов, которая строится по стандартной для русских фамилий модели: корень + суффикс принадлежности -ов. Этот суффикс в тюркских фамилиях, адаптированных в Российской империи и СССР, указывал на принадлежность роду: «сын такого-то» или «из семьи такого-то».

Корень фамилии — личное имя Ысак. Это фонетический вариант арабского имени Исхак (в русской традиции — Исаак), которое означает «смеющийся» или «радость». В тюркских языках, особенно в киргизском, казахском и узбекском, начальный звук «и» часто переходит в твердый «ы», поэтому Исхак превратился в Ысак. Фамилия Ысакулова, таким образом, буквально означает «принадлежащая потомку Ысака».

Географически фамилия почти наверняка восходит к Средней Азии, скорее всего к Кыргызстану. В русских источниках XIX — начала XX века записи с таким корнем встречаются редко, что говорит о поздней фиксации фамилии — в основном в советских паспортных системах 1920–1930-х годов. До этого носители имени Ысак обходились без фамилий, используя патроним (отчество) или родовое прозвище.

Интересная деталь: суффикс -ов, а не -ев, указывает, что основа имени заканчивается на твердый согласный («к»). Если бы имя звучало как Ысаке, мы бы получили Ысакев, но в тюркском произношении конечный «к» остается твердым, что и дало форму Ысакулов. Встречаются и варианты с другим суффиксом — Ысакулы (без русского окончания), но Ысакулова — это уже полностью русифицированная форма, закрепленная в документах.

Сословно предки Ысакуловых, скорее всего, относились к крестьянам или скотоводам, реже — к мелким торговцам или ремесленникам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для поздних фамилий, возникших из личных имен простого населения.