Фамилия Ыштыраков — редкий случай, когда корень слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. Основа «Ыштырак» явно тюркского происхождения, и географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили тюркские народы: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Вероятнее всего, она образована от мужского личного имени или прозвища Ыштырак. В тюркских языках корень «ыш» может означать «дым» или «пар», а «тырак» — суффикс со значением деятеля или носителя признака. Таким образом, имя Ыштырак могло означать «дымящий», «туманный» или «паровой» — возможно, так прозвали человека с хриплым голосом, курильщика или того, кто работал у очага. Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с диалектным словом «ыштыр» — «сор» или «мусор», тогда прозвище могло относиться к чистюле или, наоборот, неряхе.

Модель образования фамилии стандартна для русской ономастики: к основе Ыштырак добавили патронимический суффикс -ов. Это указывает на то, что предок носителя фамилии жил в среде, где русская административная культура оформляла фамилии по принципу «чей сын?» — сын Ыштырака. Суффикс -ов, а не -ин, типичен для фамилий, образованных от основ на согласный. Встречаются варианты написания Ыштыраков — с твёрдым знаком на конце (Ыштыраковъ) в дореволюционных документах, что не меняет сути.

Сословная принадлежность предков Ыштыраковых скорее всего была крестьянской или мещанской. Тюркские корни в сочетании с русским фамильным суффиксом часто встречаются у татар, башкир, чувашей, которые переходили в православие и получали фамилии по отцу. В метрических книгах XIX века такие фамилии фиксировали в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. Известных носителей фамилии в широкой истории нет, но это не делает её менее показательной: Ыштыраковы — типичный пример того, как этническое имя или прозвище адаптировалось в русской фамильной системе, сохранив звуковой облик, непривычный для славянского уха.