Фамилия Юхторов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а географическое название, причём неочевидное. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «юхт» (юфть — выделанная кожа), хотя такое сближение напрашивается. Слово «юхта» в значении «кожа» дало фамилии Юхтин, Юхтов, но не Юхторов: суффикс -ор- в этой модели нехарактерен.

На самом деле Юхторов образован от названия реки Юхтора (приток Клязьмы во Владимирской области) или от одноимённого села, которое стояло на этой реке. Такая модель типична для русских фамилий на -ов, -ев: человек, живший на Юхторе или выходец оттуда, получал прозвище Юхтор, а его потомки становились Юхторовыми. Суффикс -ор- в основе — редкий для русской ономастики, он указывает на финно-угорский субстрат: гидроним Юхтора, скорее всего, восходит к древнему мерянскому или муромскому языку, где «юхт» означало нечто связанное с водой, болотом или лесом.

Владимирская область и прилегающие районы Ивановской и Нижегородской — основная территория бытования фамилии. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное происхождение: Юхторовы — это, вероятно, потомки крестьян или однодворцев из окрестностей реки Юхторы, а не представители широко распространённого рода.

Есть и менее правдоподобная версия — от тюркского имени Юхтыр (вариант Юхтар), но она не объясняет суффикс -ов, который в таком случае присоединялся бы напрямую к основе без промежуточного -ор-. Поэтому связь с гидронимом выглядит убедительнее.

В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется — это говорит о том, что она сложилась не в служилой среде, а в крестьянской, где фамилии закреплялись позже, часто уже после отмены крепостного права.