Фамилия Юнхов — редкая, и её происхождение неочевидно. Основная версия связывает её с немецким или прибалтийским корнем. В основе лежит личное имя Юнк (Junk) или прозвище, восходящее к средневерхненемецкому junc — «молодой». В немецкой ономастике «Юнк» могло означать «молодой человек», «юнец», а также «младший» (для различения однофамильцев). Фамилия Юнхов могла возникнуть как русифицированная форма немецкой фамилии Юнк (Junk) или Юнке (Junke) с добавлением типичного русского суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Юнхов, то есть «сын или потомок Юнка».

Вторая, менее вероятная версия — от тюркского или кавказского имени Юнх (вариант Юнус, Юнч) с тем же русским суффиксом. Но в тюркских языках слово «юн» означает «шерсть», что могло бы дать прозвище торговцу шерстью, однако такая модель образования для фамилий на -ов нехарактерна.

Географически фамилия встречается в России крайне редко, преимущественно в Поволжье и на Северном Кавказе, что косвенно указывает на возможное немецкое происхождение предков (немецкие колонисты в Поволжье) или на осетинские/ингушские корни (там фамилии на -ов распространены, а основа Юнх могла быть адаптирована). В немецкой среде фамилия Юнк (Junk) известна с XVI века, а её русификация с окончанием -ов происходила при переселении в Российскую империю.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия формировалась в русской языковой среде, вероятно, в XIX веке. Носители фамилии Юнхов — скорее всего, потомки обрусевших немцев или выходцев из Прибалтики, чья фамилия была записана по русской модели.