Фамилия Юнкникель — редкий пример прямого немецкого заимствования, которое не адаптировали через суффиксы, а просто перенесли в русскую речь. Она составная: первая часть «юнк» (Junge) означает «юноша, парень», вторая — «никель» (Nickel) — уменьшительное от имени Николаус (Николай). Буквально: «маленький Николай» или «Николка». В немецком языке такое прозвище давали младшему сыну, младшему родственнику или просто молодому человеку по имени Николай.

По способу образования это типичная немецкая фамилия-прозвище, которая закрепилась в России в эпоху массовых переселений немцев в XVIII–XIX веках. Чаще всего такие фамилии привозили колонисты из юго-западных земель Германии (Пфальц, Баден, Вюртемберг), где были распространены двухосновные прозвища. В России их записывали на слух, поэтому написание могло колебаться: Юнкникель, Юнк-Никель, Юнкеникель.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить, что «юнк» происходит от названия военного чина (юнкер), но это маловероятно: в немецких фамилиях «юнк» почти всегда от Junge, а не от Junker. Кроме того, в документах поволжских немцев встречаются параллельные формы вроде Юнкер, Юнкерман, где связь с чином очевидна, — Юнкникель стоит особняком.

Носители фамилии в России — почти исключительно потомки немецких колонистов, осевших в Поволжье (Саратовская, Самарская губернии) или на юге Украины. Встречается фамилия и у потомков остзейских немцев, но реже. В современной России Юнкникель — редкая фамилия, сосредоточенная в тех же регионах, где исторически были немецкие поселения.