Фамилия Юнусахунов — редкий пример трёхкомпонентной модели, которая почти не встречается у славянских фамилий, но хорошо знакома тюркским и кавказским народам. В основе лежит арабское имя Юнус (библейский пророк Иона), а два суффикса подряд — это отдельная история.

Первый элемент — -ахун (или -хан в искажённом произношении). В тюркских языках «ахун» означает «наставник», «учитель», а в некоторых диалектах — «господин». Второй суффикс — -ов — русский патронимический, который добавили при русификации фамилий в XIX–XX веках. Получается цепочка: Юнус + ахун + ов = «сын наставника по имени Юнус».

Географически фамилия тяготеет к Дагестану, Чечне и Азербайджану. Встречается она и среди татар, но реже. В дореволюционных записях её могли писать как Юнус-Ахунов, Юнусахунов или Юнусханов — единой нормы не было, пока советские паспортисты не унифицировали написание.

Отдельно стоит сказать про суффикс -ахун. В отличие от привычного -ов или -ин, он не указывает на прямую принадлежность отцу, а скорее на социальный статус или религиозный сан предка. Ахун — это мусульманский богослов, знаток Корана. Поэтому носитель фамилии Юнусахунов — потомок не просто человека по имени Юнус, а уважаемого духовного лица.

Других версий происхождения нет: корень прозрачный, и попытки связать фамилию с чувашскими или монгольскими корнями не выдерживают критики — все элементы легко читаются в арабо-тюркской традиции.