Фамилия Юнусханов — яркий образец тюрко-исламской антропонимической модели, в основе которой лежит сложносоставное личное имя. Она образована от имени Юнусхан, где первая часть — Юнус — это кораническая форма библейского имени Иона (пророк Юнус), а вторая — хан — титул правителя или военачальника, который в составе личных имён у тюркских народов стал показателем знатности, уважения или просто пожеланием величия. Таким образом, имя Юнусхан буквально означает «Юнус-правитель» или «хан Юнус», а фамилия — «потомок Юнусхана».

Фамилия построена по классическому русскому патронимическому суффиксу -ов, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Это говорит о том, что носители фамилии — выходцы из среды, которая приняла русскую модель образования фамилий (через окончание -ов/-ев) для фиксации родового имени, но сохранила в основе национальное имя. В отличие от многих русских фамилий, где суффикс присоединялся к прозвищу или профессии, здесь он работает чисто как указатель родства: «чей?» — Юнусханов.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически распространены кумыкский, чеченский, ингушский, аварский и другие языки нахско-дагестанской и тюркской групп. Особенно характерна она для Дагестана и Чечни. В этих культурах имя Юнус (часто в форме Юнус, ГIунус) было популярно, а добавление компонента -хан было типичным способом сделать имя более торжественным или отличить человека от тёзок. Встречаются и варианты написания — Юнусханов, Юнус-Ханов (с дефисом), но стандартная орфография закрепилась слитной.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов, образованных от простых имён (Иванов, Петров), фамилия Юнусханов сохраняет внутреннюю форму, указывающую на социальный статус предка. «Хан» в составе имени не обязательно означал, что носитель был реальным правителем. Часто это был компонент, который давали ребёнку как оберег или пожелание силы, либо как дань моде на составные имена с титулами, распространённой в XV–XIX веках у кумыкской и горской знати. Поэтому предки Юнусхановых могли быть как уважаемыми старейшинами, так и обычными крестьянами, получившими имя от муллы.

В современном русском языке фамилия склоняется как обычное притяжательное прилагательное мужского рода: Юнусханова, Юнусханову, Юнусхановым. Женский вариант — Юнусханова — не склоняется по падежам, если речь о замужней женщине, но в бытовой речи часто используется форма «Юнусханова» как неизменяемая. Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, но благодаря яркой этимологии легко узнаваема и однозначно указывает на корни носителя в культурах Северного Кавказа.