Фамилия Юркшайте — литовская по происхождению, и в этом её ключевая особенность. Окончание -айте (лит. -aitė) указывает на женскую форму, образованную от мужской фамилии Юркша или Юркшис. В литовской традиции фамилии жён и дочерей строятся по-разному: окончание -ene получает замужняя женщина, а -aite (в русской передаче -айте) — незамужняя дочь. Таким образом, Юркшайте буквально означает «дочь Юркши» или «дочь Юркуса».

Основа фамилии восходит к личному имени Юргис — литовскому варианту имени Георгий (от греческого «земледелец»). В разговорной речи имя Юргис сокращалось до форм Юрка, Юркус, Юршис. От них и пошли соответствующие фамилии. Суффикс -aitė в литовской ономастике — один из самых распространённых при образовании фамилий дочерей, поэтому Юркшайте — типичная для Литвы фамилия, особенно в северных и центральных регионах страны.

В русскоязычной среде такие фамилии часто воспринимаются как редкие и экзотические. Их носительницы в XIX — начале XX века могли эмигрировать из Литвы или родиться в смешанных семьях. В современной России фамилия встречается редко, в основном у потомков литовцев, переехавших в советское время.

Если рассматривать словообразовательную модель, то Юркшайте — это патроним (фамилия по отцу) в чистом виде. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закреплялись за родом, литовская система долго сохраняла «живое» изменение по полу и семейному положению. Поэтому у одного отца-Юркши дети мужского пола носили бы фамилию Юркшайтис, а дочери — Юркшайте. Такая гибкость — отличительная черта литовской антропонимии, которую утратили многие другие европейские языки.

Споров о происхождении фамилии практически нет: лингвистическая форма однозначно ведёт к мужскому имени Юргис. Другие версии — например, связь с балтским корнем «jurk-» (ворчать, бурчать) — возможны, но менее вероятны, так как личные имена в основе фамилий встречаются гораздо чаще, чем прозвища по характеру.