Фамилия Ющишен — редкий пример восточнославянской фамилии с литовским суффиксом. Её основа — имя Юшка, уменьшительная форма от Юрий (в народной традиции — Юрка, Юшко). Суффикс -ен, характерный для литовских фамилий на -ėnas, даёт значение «сын Юшки» или «потомок Юрия». Такая модель образования — признак того, что фамилия сложилась на территории, где славянское имя встретилось с балтийской словообразовательной традицией.

Географически фамилия тяготеет к западным областям бывшей Речи Посполитой. Наиболее вероятный регион — современные Гродненская и Витебская области Беларуси, а также юго-восток Литвы. В этих местах в XVI–XVII веках шло активное смешение славянских и балтийских диалектов, и фамилии на -ен вроде Ющишен, Мателен, Пятрен фиксировали семейную принадлежность по отцу.

Кем могли быть предки? Скорее всего, крестьяне или мелкая шляхта. Фамилия не дворянская — в гербовниках она не упоминается. Но её носители могли владеть землёй или ремеслом, потому что сама форма «Ющишен» указывает на устоявшийся род, а не на недавно пришлого человека. В польских переписях XIX века подобные фамилии часто записывали с окончанием -евич (Юшкевич), но литовский суффикс сохранился у тех, кто жил в этнически смешанных сёлах.

Интересная деталь: ударение в фамилии — на первый слог (Ю́щишен), что нетипично для русских фамилий, но нормально для литовских и польских. Если бы фамилия была чисто русской, ударение падало бы на последний слог — Ющише́н. Эта фонетическая особенность — ещё одно подтверждение её балтийского происхождения.