Фамилия Юскпов — редкий случай, когда основа почти наверняка тюркская, а русское окончание -ов приросло уже на славянской почве. Если разложить слово по составу, корень здесь — Юскп-, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Юскпов, то есть потомок человека по имени или прозвищу Юскп.

Сама основа Юскп — это, скорее всего, искажённое или диалектное написание тюркского имени Юсуп (арабского происхождения, библейский Иосиф). В тюркских языках, особенно в башкирском, татарском и казахском, имя Юсуп часто произносится как Йосоп или Йосып. При переходе в русскую документацию глухой звук «п» на конце мог закрепиться, а беглая гласная «ы» или «у» в середине редуцировалась — так и получилось Юскп. Подтверждение этой версии — существование фамилий Юсупов, Юсупкаев и Юсупжанов, где корень тот же, но оформление другое. Юскпов — более редкий, «стянутый» вариант.

Географически фамилия встречается в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — регионах, где веками жили башкиры и татары, а русские писцы фиксировали их имена на слух. Предки носителя фамилии, скорее всего, были крещёными или обрусевшими тюрками, получившими фамилию по отцу — Юскпу. Никакого иного значения, кроме отчества, у этой фамилии нет: она не указывает на ремесло, место жительства или внешность, а просто хранит память о конкретном человеке, которого звали Юсуп.

Из-за редкости фамилия не попала в массовые справочники вроде словаря Унбегауна, но её словообразовательная модель типична для восточных окраин России: тюркское имя + русский патронимический суффикс. В документах XVIII–XIX веков можно было встретить написание Юсупков или Юскубов — это те же варианты, только с другой передачей гласных.