Фамилия Юстюнина — женская форма от Юстюнин, и её разбор лучше начать не с корня, а с суффикса и модели образования. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Юстюнин — «чей?» — сын или потомок человека по имени или прозвищу Юстюня. Это типичная русская патронимическая модель, где основа редко встречается в официальных святцах, а чаще бытовала в народной, диалектной среде.

Корень Юст- восходит к крестильному имени Иуст (от латинского justus — «справедливый, праведный»). В русском просторечии имя Иуст, а также его производные вроде Юст, Юстин, Устин давали множество обиходных форм. Юстюня — одна из них, с характерным для северных и центральных говоров суффиксом -юн(я), который придаёт уменьшительно-ласкательный или прозвищный оттенок. Сравните: Устин → Устюня, Юстин → Юстюня. Фамилия, таким образом, означает «потомок Юстюни», то есть человека, которого в быту звали уменьшительным именем от канонического Иуст.

Географически фамилия Юстюнина редкая. Основные очаги её бытования — Вологодская и Архангельская области, а также северные районы Кировской области. Это косвенно подтверждает версию о севернорусском происхождении: именно в этих краях имя Устин (народная форма от Иуст) было распространено, а суффикс -юн(я) типичен для местной ономастики. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Юстюнина, что связано с колебаниями в орфографии XIX века, когда суффикс -ин не всегда удваивался перед окончанием.

В сословном отношении носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или в Родословных книгах губерний не зафиксировано. В переписных книгах XVII–XVIII веков по Вологодскому уезду встречаются отдельные записи крестьян Юстюниных, но массового распространения фамилия не получила.

Спорных версий немного. Иногда корень Юст- пытаются связать с коми-зырянским «юст» (сильный, крепкий), но это маловероятно: фамилия чётко вписывается в славянскую антропонимическую модель, а иноязычное влияние в северных диалектах чаще давало фамилии на -ов, а не на -ин. Кроме того, имя Иуст известно в православных святцах, и его производные встречаются по всей Руси, хотя и нечасто.

Итог: фамилия Юстюнина — редкий пример того, как каноническое имя Иуст, пройдя через народную обработку (Юстюня), закрепилось в виде патронимической фамилии на севере России. Предки носительницы этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из Вологодчины или Поморья, а само прозвище Юстюня указывало на человека, которого в семье или общине называли ласково по имени в честь святого Иуста.