Фамилия Юстюженков — редкий пример того, как простое прозвище обрастало суффиксами, меняя звучание, но сохраняя профессиональный корень. Её основа — слово «юстюжник» или «юстюжный», которое в русских говорах означало мастера по изготовлению металлических изделий, кузнеца. Это профессиональное прозвище восходит к слову «юстюжный» — «кузнечный», которое, в свою очередь, связано с глаголом «юсти́ть» (точить, править, чинить). В некоторых диалектах «юстюжник» — синоним слесаря или жестянщика, человека, работающего с металлом.

Словообразовательная цепочка здесь нестандартная. Сначала от «юстюга» (орудия для правки, точильного камня) или от глагола образовалось прозвище Юстюга, Юстюжка или Юстюжник. Затем к нему добавился сначала суффикс -енк-, характерный для украинской, белорусской и южнорусской традиции (указывающий на «маленького», «сына» или «потомка»), а уже потом — стандартный русский патронимический суффикс -ов. Таким образом, Юстюженков — это не «сын Юстюженка», а «сын Юстюженка», где Юстюженок — это «маленький кузнец» или «сын кузнеца». Двойной суффикс (-енк- + -ов) встречается нечасто и выдает южное или западнорусское происхождение фамилии.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. В XIX веке Юстюженковы встречались в Курской, Воронежской, Харьковской губерниях — регионах, где кузнечное ремесло было особенно развито, а суффикс -енко широко бытовал. Со временем, при переходе на русскую паспортную систему, к украинской основе добавили «великорусское» окончание -ов, чтобы фамилия звучала привычнее для центральных губерний.

Родственными по корню будут фамилии Юстов, Юстин, Юстюгин, а также более известные Кузнецов, Ковалёв, Железнов. Но в отличие от них, Юстюженков сохранил архаичный диалектный оттенок: предок носителя был не просто кузнецом, а, скорее всего, «юстюжником» — мастером по мелким металлическим работам, правке инструмента или изготовлению жестяной посуды.