Фамилия Южбабенко — редкий случай, когда географическая привязка и семейное прозвище слились в одном слове. Её основа — «Южбаба» — скорее всего, не имя и не отчество, а прозвище, которое дали человеку, пришедшему с юга, из южных земель. «Баба» в этом контексте — не женщина, а распространённый в прошлом элемент прозвищ, обозначавший либо род занятий (например, знахаря), либо характерную внешность или манеру поведения. В украинских говорах «баба» могла означать и «деда», старика, но в паре с «юж» указывает на происхождение: «южная баба» — человек, который «из южных краёв», возможно, переселенец или торговец.

Суффикс «-енко» — классический украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». Так что Южбабенко — это буквально «сын того, кого прозвали Южбаба». Модель образования типична для левобережной Украины, особенно для Полтавщины, Черниговщины и Слобожанщины, где в XVII–XVIII веках активно формировались фамилии на «-енко». В отличие от русских фамилий на «-ов», которые часто закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права, «-енко» — древняя и массовая форма, встречавшаяся у казаков, мещан и крестьян.

С точки зрения лингвистики, фамилия необычна тем, что в ней нет типичного суффикса прилагательного — она образована напрямую от прозвища, без перехода через форму «Южбабин». Это указывает на то, что прозвище Южбаба было устойчивым и воспринималось как цельное имя. В словарях украинских фамилий (например, у Ю. К. Редько) подобные конструкции встречаются, но редко: чаще фиксируются варианты вроде Южак, Южный или Бабенко отдельно. Сочетание «юг» и «баба» — явно не случайное, а отражающее реальную ситуацию: предок носителя фамилии был «южным пришельцем», возможно, из Бессарабии, Крыма или даже с Кубани.

География фамилии сегодня узкая. Южбабенко встречается преимущественно в южных и центральных областях Украины — в Одесской, Николаевской, Кировоградской, а также в приграничных районах России. За пределами этих регионов фамилия практически неизвестна, что подтверждает её локальное происхождение. Носители, скорее всего, потомки казаков или крестьян, которые в XIX веке получили фамилию по прозвищу, данному при переписи или в общине.

Единственная спорная версия — связь с тюркским корнем «юз» (сто, лицо) или «жуз» (род, племя). Но она маловероятна, так как фамилия явно славянская по структуре, а «юж» легко объясняется русским и украинским «юг». Если бы основа была тюркской, суффикс «-енко» не прижился бы в такой форме — скорее появился бы вариант Юзбаев или Юзбашенко. Так что версия с географическим прозвищем остаётся основной и наиболее правдоподобной.