Фамилия Зачатко — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с внешностью или характером, а с физиологией или судьбой. Корень здесь — «зачатие», «зачаток». В древнерусском языке «зачатко» означало начало, исток, а в прямом смысле — зародыш, плод в утробе. Человек, получивший такое прозвище, мог быть поздним, долгожданным или, наоборот, нежеланным ребёнком, которого в насмешку или с горькой иронией называли «зачатком». В крестьянской среде, где детей рождалось много, такое имя-прозвище давали, чтобы подчеркнуть обстоятельства появления на свет.

Суффикс -к- в основе указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму, а окончание -о типично для украинских и южнорусских фамилий, образованных от существительных среднего рода. В украинском языке слово «зачаток» звучит как «зачаток», но в разговорной речи могло превратиться в «зачатко». Фамилия могла возникнуть и от глагола «зачати» — начать, зачать. В таком случае прозвище Зачатко давали первенцу, тому, кто «зачал» род, стал его началом.

Версия о происхождении от профессии или ремесла маловероятна. Никакого «зачатка» как орудия труда или должности не существовало. Не стоит путать фамилию с однокоренными «Зачатиев», «Зачатов» — те образованы от имени Зачатий (калька с греческого имени, связанного с зачатием Богородицы). Зачатко — фамилия более прозрачная, бытовая, без церковного налёта.

Географически фамилия встречается в основном на Украине, в южных областях России и в Беларуси. Встречаемость низкая, даже в региональных справочниках она почти не фиксируется. Это не фамилия дворянского или купеческого рода — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, а прозвище закрепилось за одной семьёй и не распространилось широко. В современных телефонных справочниках Зачатко можно найти в Винницкой, Киевской и Ростовской областях — по несколько человек на область.