Фамилия Заэлэко — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её носители — почти поголовно абхазы, и именно в абхазском языке лежит ключ к разгадке.

Основа фамилии — абхазское мужское имя Заэл (Заел). Суффикс «-эко» (или «-ико») в абхазской антропонимии выполняет ту же роль, что русское «-ов» или грузинское «-дзе»: он указывает на принадлежность к роду, буквально «из дома Заэла». Таким образом, Заэлэко — это «потомок Заэла» или «принадлежащий к роду Заэла».

Само имя Заэл, скорее всего, восходит к арабскому Захир (ظاهر) — «ясный, светлый, очевидный», которое через турецкое или адыгское посредничество могло попасть в абхазский язык. В таком случае фамилия несёт в себе пожелание «сияния» или «светлой судьбы» для родоначальника.

В отличие от русских фамилий, где суффикс -ин или -ов закрепился за крестьянством и духовенством, абхазские фамилии на -эко часто свидетельствуют о принадлежности к определённому роду, а не к сословию. Среди носителей фамилии Заэлэко известны представители абхазской интеллигенции, в том числе деятели культуры и науки, что подтверждает её давнюю укоренённость в регионе.

Написание фамилии с буквой «э» после «л» и в конце — калька с абхазского произношения, где гласные звуки более отрывисты. В русских документах встречаются варианты Заэлико, Заэлко, но исходная форма точнее передаёт родовой суффикс. Других версий — например, связи с русским словом «заел» или «залез» — не существует; фамилия целиком лежит в плоскости кавказской ономастики.