Фамилия Зафтонова — явление редкое и, скорее всего, недавнего происхождения. Её основа «зафтон» не встречается ни в древнерусских летописях, ни в словарях традиционных прозвищ. В русском языке нет слова «зафтон» или «зафта»; нет его и в тюркских, финно-угорских или балтийских языках, которые обычно поставляли основы для фамилий Центральной России. С большой вероятностью, перед нами искусственная фамилия, возникшая в XX веке.

Как такое могло произойти? В советское время, особенно в 1920–1940-е годы, у многих крестьян и рабочих фамилий либо не было вовсе, либо они были неблагозвучными (вроде «Свиньин» или «Пьянков»). При получении паспорта человек мог сам придумать себе фамилию, взяв за основу случайное слово или аббревиатуру. «Зафтонова» могла образоваться от аббревиатуры — например, ЗАФТО (завод, артель, фабрика, товарищество и т.п.) плюс суффикс -ов-. Женская форма на -а указывает, что фамилия принадлежит женщине или была закреплена за родом в женском роде (что бывает при выдаче паспорта на вдову или девушку).

Суффикс -ов- в данном случае стандартный: он показывает принадлежность («чей?» — Зафтонов, то есть «сын Зафтона»). Но если «Зафтон» — не имя, а техническое обозначение, то фамилия просто означает «относящийся к объекту ЗАФТО». Вторая версия, менее правдоподобная, — искажение иностранной фамилии (например, немецкой Zafton или еврейской Зафт), которое при записи в советском паспортном столе русифицировали суффиксом.

География фамилии узкая. По данным открытых баз, Зафтоновы встречаются в основном в Поволжье (Самарская, Саратовская области) и на Урале — регионах, где в 1930-е годы активно шла паспортизация и строительство заводов. Это косвенно подтверждает «производственную» версию происхождения. Никаких дворянских корней или связи с древними ремёслами здесь нет: фамилия — продукт индустриальной эпохи, когда фамилию могли «сконструировать» как шифр или лозунг.