Фамилия Заипутская — женская форма фамилии Заипутский, и сразу бросается в глаза: у неё нестандартная основа. В русских фамилиях на -ский/-цкий (типичных для польской шляхты, духовенства и украинско-белорусских земель) корень обычно прозрачен: от названия города, села или прилагательного. Здесь же корень «Заипут-» не похож ни на одно известное географическое название, и это главная загадка.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или дохристианское имя. Вторая часть — «пут» — отчётливо напоминает древнерусское «путь» (дорога, странствие). В таком случае «Заипут» могло означать человека, который «заимел путь» или «зашёл на путь» — возможно, бродягу, купца, или того, кто сменил род занятий и «встал на путь» (например, разбойник, ставший мирным). Приставка «за-» в прозвищах нередко указывала на действие, совершённое до конца или в избытке: «заиграть», «запить». Или же «за-» могло быть частью топонима (например, Запутное — село за путями), но документальных подтверждений нет.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: прозвище → притяжательное прилагательное с суффиксом -ск- (Заипутский) → фамилия. Такие фамилии часто получали по названию владения или места жительства, но если корень не топонимический, то перед нами случай, когда прозвище «Заипут» закрепилось за родом и позже оформилось по господской модели (на -ский), которая в XVII–XIX веках стала престижной даже для крестьян и мещан.

Географически фамилия редкая. Основные носители Заипутских встречаются в Вологодской и Архангельской областях, что наводит на мысль о севернорусском происхождении. На Севере фамилии на -ский нередко возникали искусственно — при переписях их давали священники или писцы, переделывая местные прозвища в более «благородную» форму. В этом случае «Заипутский» могло быть канцелярским вариантом прозвища «Заипут» (или «Запутин»), записанного на слух.

Есть и менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от тюркского корня (ср. «заип» — искажённое «заиф», слабый, или «заип» как вариант имени Заип), но тогда суффикс -ут- и окончание -ский для тюркских заимствований нехарактерны. Скорее всего, перед нами чисто русское прозвище, связанное с путём, дорогой или судьбой. Фамилия Заипутская — редкий случай, когда внешне «дворянская» форма скрывает простое народное прозвище, а не географию.