Фамилия Закайдакова — женская форма фамилии Закайдаков, и её происхождение стоит искать в прозвище или географическом названии, которое легло в основу мужского варианта. Слово «закайдаков» или «Закайдак» могло иметь несколько значений, и самое вероятное связано с тюркским корнем «кайдак» — так в прошлом называли легкую кожаную обувь, поршни или бродни. В таком случае Закайдаков — это человек, который либо носил такую обувь, либо, что вероятнее, шил её, то есть был сапожником или кожевником. Приставка «за-» в русских фамилиях часто указывала на место жительства за каким-либо объектом: «живущий за кайдаками» — возможно, за ремесленным рядом или за местностью, где делали кайдаки.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с тюркским личным именем Кайдак (Кайдак), которое могло означать «бродяга», «скиталец» или происходить от названия древнего тюркского племени. Тогда Закайдаков — потомок человека по прозвищу Кайдак, а приставка «за-» усилила бы значение: «тот, кто за Кайдаком», то есть следующий за ним или живущий за его домом. Обе гипотезы не противоречат друг другу, но первая — ремесленная — выглядит конкретнее и типичнее для русских фамилий, образованных от названий занятий.

Суффикс «-ов» в фамилии Закайдаков — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Закайдака». Встречаемость фамилии в современных справочниках невысока, она редкая и, скорее всего, имеет локальное распространение в южных регионах России или в Поволжье, где исторически был силён тюркский языковой субстрат. В отличие от фамилий на «-ин» или «-ский», эта модель указывает на более позднее, но всё же довольно архаичное образование, когда прозвище отца переходило к детям без изменений.

Сословная принадлежность первых носителей фамилии остаётся неясной — в документах она не фигурирует среди знатных родов. Скорее всего, Закайдаковы были крестьянами или посадскими людьми, а их прозвище закрепилось за семьёй в XVII–XVIII веках. В написании фамилии возможна вариативность: в старых записях могло встречаться «Закайдаковъ» или «Закайдак», но современная форма с ударением на третьем слоге — Закайдакова — устоялась.