Фамилия Закомарков — редкий случай, когда в основе лежит не ремесло, не личное имя и не черта характера, а архитектурный термин. Прозвище Закомар или Закомарок давали человеку, жившему рядом с закомарой — полукруглым завершением стены в древнерусском храмовом зодчестве. За комарами (от древнерусского «комара» — свод) скрывалась не насекомое, а конструктивная деталь: арка, примыкающая к барабану купола. Прозвище могло закрепиться за строителем, реставратором храмов или просто за жителем дома у церкви с такой архитектурой.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий XVI–XVII веков: сын Закомарка — Закомарков. Встречается также вариант Закомаркин (от Закомарка), но он заметно реже. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где сохранилось много храмов с закомарами — Новгородская, Владимирская, Ярославская земли. В переписных книгах XVII века такие прозвища фиксировались среди посадских людей и церковных мастеров, то есть предки носителя фамилии скорее всего относились к городским ремесленникам или служителям при храме.

Ударение в фамилии — на второй слог: Закома́рков. В разговорной речи иногда смещают на последний, но литературная норма держится на корне. Единственная однокоренная фамилия, которая встречается в ономастических справочниках, — Комаров, но она образована от другого слова (насекомое) и не имеет отношения к зодчеству.

Если отбросить архитектурную версию, остаётся маловероятная: от диалектного «закомарить» — спрятать, утаить. Но ни в одном серьёзном словаре русских говоров (включая Даля) такого глагола нет. Поэтому версия с закомарой — единственная обоснованная.