Фамилия Заматханов — редкая и географически привязанная. Её основа — мужское имя Заматхан, а суффикс -ов указывает на русскую модель образования: «чей?» — Заматханов, то есть сын или потомок Заматхана. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, форма на -ов здесь стандартна для тюркских имён, оканчивающихся на согласный.

Имя Заматхан составное, тюркского происхождения. Первая часть, «замат», восходит к арабскому «заман» — время, эпоха. В тюркских языках это слово означает «время», «срок», а в переносном смысле — «современный», «передовой». Вторая часть — «хан» — титул верховного правителя, широко распространённый в именах у народов Кавказа и Средней Азии. Таким образом, Заматхан можно перевести как «хан времени» или «властелин эпохи» — имя с сильным, почётным значением, которое давали с пожеланием ребёнку стать влиятельным человеком, идущим в ногу со временем.

Фамилия Заматханов почти наверняка имеет северокавказские корни, скорее всего чеченские или ингушские. Именно у вайнахских народов (чеченцев и ингушей) составные имена с компонентом «хан» встречаются особенно часто, а суффикс -ов стал стандартным окончанием при русификации фамилий в XIX–XX веках. В Чечне и Ингушетии можно встретить и однокоренные фамилии — Заматов, Заматхаджиев, — образованные от того же корня, но с разными суффиксами или вторыми именами.

Встречаемость фамилии за пределами Кавказа — результат миграций XX века, в частности депортации чеченцев и ингушей в 1944 году, после которой многие семьи осели в Казахстане и Средней Азии, а позже — в разных регионах России. Поэтому носители фамилии Заматханов сегодня живут не только на родине предков, но и в крупных городах, сохраняя родовую память в фамильном имени.