Фамилия Замытский — редкий пример, где прозвище перешло в фамилию не через стандартные патронимические суффиксы -ов/-ев, а через дворянский формант -ский. Это сразу указывает на возможное географическое или служилое происхождение: такую фамилию в XVI–XVII веках могли получить либо помещики по названию владения, либо выходцы из духовенства, где -ский было нормой.

Основа «замыт» восходит к древнерусскому слову «мыто» — пошлина, налог, плата за проезд или торговлю. Соответственно, «замыт» — это либо человек, который задолжал пошлину, либо, что вероятнее, тот, кто собирал мыто, то есть мытник. Приставка «за-» могла означать «за мытом», то есть находящийся за сборным пунктом, или же закрепиться как часть прозвища, означающего «тот, кто ведает замытом» — особым видом сбора. В старых грамотах встречается термин «замытные деньги» — плата за провоз товара через заставу.

По другой версии, фамилия могла образоваться от названия местности, например, от села или речки Замытье. Такие топонимы встречаются в центральной России: например, деревня Замытье есть в Тверской области. Если предок владел или жил в таком месте, его потомки могли стать Замытскими. В этом случае суффикс -ский работает как классический указатель на «человека из Замытья».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мытников, Мытный, Замытов — показывает, что вариант Замытский встречается заметно реже, что говорит о более узком круге носителей, возможно, сконцентрированных в одном регионе. Судя по данным переписей XIX века, фамилия встречалась в основном в Тверской и Новгородской губерниях, где исторически были развиты речные торговые пути и мытные сборы.

Таким образом, предки Замытских с высокой вероятностью были либо служилыми людьми при таможенных заставах, либо мелкими помещиками, чья вотчина называлась Замытье. В любом случае, фамилия прочно связана с экономической историей Руси — с налогами, торговлей и дорожными пошлинами.