Фамилия Запатишина — женская форма фамилии Запатишин, и её разбор стоит начать с суффиксальной части. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в основе фамилии лежит прозвище или имя отца, отвечавшее на вопрос «чей?» — сын Запатиши, то есть Запатишин. Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге и востоке.

Корень фамилии — Запатиш- — неочевиден и редок. Он не встречается в списках частых русских прозвищ и имён. Можно предположить две версии происхождения, и обе связаны с диалектной лексикой.

Первая и наиболее вероятная версия — от глагола «запатишить» или существительного «патишок». В северных говорах (особенно в архангельских и вологодских) «патишить» означало «шалить, проказничать, делать что-то исподтишка». «Запатишить» — начать пакостить, набедокурить. Прозвище Запатиша могли дать человеку шаловливому, скрытному или тому, кто устраивал мелкие каверзы. Суффикс -ш- в основе (Запатиш-а) характерен для прозвищ, образованных от глаголов: «заика» → Заика, «ворчать» → Ворчун. «Запатиша» — тот, кто запатишил.

Вторая версия, менее убедительная, — от географического названия. В России есть несколько мелких речек с названием Патиша (например, в бассейне Оки), но фамилия Запатишин могла бы образоваться от жителя за рекой Патишей (за-Патишье). Однако в таком случае ожидалась бы форма «Запатишский» или «Запатишев», а не «Запатишин». Суффикс -ин обычно цепляется к личному имени или прозвищу, а не к топониму. Поэтому версия с прозвищем выглядит куда правдоподобнее.

Фамилия крайне редкая. Встречается она преимущественно в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает её северно-русское происхождение (носители могли мигрировать в более южные области). В дореволюционных списках и современных базах данных фамилия не фиксируется массово — это говорит о том, что прозвище Запатиша было локальным, возможно, деревенским, и не перешло в большое количество родов.

Таким образом, носительница фамилии Запатишина может считать, что её предок получил прозвище за живой, озорной нрав или склонность к мелким шалостям. Фамилия — редкий образец диалектного словообразования, сохранивший в основе почти забытый глагол.