Фамилия Запердолин — редкий случай, где прозвищная основа почти полностью вытеснила память о первоначальном значении. Слово «запердолить» в русских говорах (особенно южных и вологодских) означало «забить, заколотить, засунуть куда-то с усилием». В переносном смысле так могли сказать о человеке, который делает что-то неловко, с натугой, или, наоборот, о том, кто упрямо «вбивает» своё мнение. Фамилия образована по стандартной модели: основа глагола + суффикс -ин (притяжательный, отвечающий на вопрос «чей?»). Получается: Запердолин — сын или потомок человека по прозвищу Запердола.

Суффикс -ин типичен для фамилий, возникших от основ на -а/-я. Если бы прозвище звучало как Запердол, мы бы получили Запердолов. Форма на -ин указывает, что исходное прозвище было женского рода («Запердола») или, что вероятнее, имело окончание -а, характерное для многих русских прозвищ, описывающих действие.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям (Воронежская, Ростовская, Краснодарский край), где глагол «запердолить» бытовал в крестьянской среде. Встречается она крайне редко — это не массовая фамилия, а локальное прозвание, закрепившееся за одной-двумя семьями. Скорее всего, предок был плотником, кузнецом или просто работящим мужиком, которого за манеру работать «с нажимом» и прозвали Запердолой. Никакого негативного оттенка в исходном прозвище не было — оно лишь фиксировало манеру поведения или род занятий.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается, что подтверждает её узкую региональность. Встречаются варианты написания: Запердолин, реже — Запирдолин (с «и» под влиянием аканья). По сословной принадлежности — однозначно крестьянская, без примеси дворянских или духовных корней.