Фамилия Заплутахин на первый взгляд кажется прозрачной: корень «плут» и приставка «за-» намекают на человека, который заплутал, то есть сбился с пути. Однако в русской ономастике эта фамилия стоит особняком из-за редкой словообразовательной модели. Суффикс «-ахин» встречается нечасто; чаще всего он указывает на прозвище, образованное от глагола с помощью суффикса «-ах(а)»: например, «растеряха» — «растеряхин», «гуляка» — «гулякин». По той же схеме «заплутаха» — человек, который постоянно путает дорогу, блуждает. Исходное прозвище Заплутаха (или Заплутах) и дало фамилию через патронимический суффикс «-ин».

Вероятнее всего, прозвище закрепилось за человеком нерасторопным или рассеянным, который часто терял ориентиры в лесу или в поле. В крестьянской среде, где каждый клочок земли был на счету, а дороги — делом привычки, такое качество выделяло человека и становилось его бытовым именем. Менее правдоподобна версия, связывающая фамилию с глаголом «плутовать» (обманывать): приставка «за-» в этом случае дала бы значение «начать плутовать», а не «заплутаться». Семантика блуждания здесь первична.

Фамилия почти не встречается за пределами России и относится к числу редких. Географически её можно привязать к северным и центральным областям — Архангельской, Вологодской, Костромской, где лесистая местность и охота делали способность не заблудиться жизненно важным навыком. Именно там, по данным региональных словарей русских говоров, слово «заплутаться» имело особенно широкое хождение. В списках однокоренных фамилий — Заплутаев, Заблудин, Заблудший — Заплутахин выделяется своим суффиксом, характерным скорее для прозвищ, чем для отчеств от крестильных имён.

В дворянских родословных книгах фамилия не значится: её носителями были преимущественно крестьяне и мещане. Сословный статус предков-Заплутахиных — простые люди, чьё прозвище закрепилось в документах при переписях XVIII–XIX веков.