Фамилия Запоганенко звучит необычно и даже вызывающе, но её значение прямое и прозрачное, хотя и не лестное для предка. Это типичная украинская фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс -енко». Суффикс -енко в украинской ономастике — самый распространённый патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». То есть Запоганенко буквально — «сын Запоганого» или «потомок того, кого прозвали Запоганый».

Основа фамилии — глагол «запоганити» или прилагательное «поганий». В украинском языке «поганий» означает «плохой», «скверный», «негодный», а в более старом, диалектном значении — «языческий», «нечистый» (от латинского paganus). Прозвище Запоганый могли дать человеку за дурной нрав, неопрятность, или, что вероятнее, за связь с чем-то нечистым, нехристианским — например, за занятие колдовством, знахарством или за принадлежность к старой вере. В народной культуре такое прозвище могло быть не столько оскорблением, сколько оберегом: считалось, что «плохое» имя отпугивает злых духов.

Географически фамилия Запоганенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где суффикс -енко наиболее распространён. Встречается она редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: носители такой фамилии, скорее всего, происходят из одного небольшого рода. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться по-разному: Запоганенко, Запоганенко, реже — Запоганый.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, казацкая или крестьянская. Фамилии на -енко в малороссийских губерниях в XVIII–XIX веках были массово закреплены за казацкими и мещанскими семьями, реже — за государственными крестьянами. Дворянской фамилия не была — слишком прозрачная и просторечная основа.

Сравните с однокоренными фамилиями: Поганый, Поганенко, Поганов. Все они восходят к той же основе, но Запоганенко выделяется приставкой «за-», которая может указывать на действие: «запоганил» (испортил, осквернил). Возможно, прозвище закрепилось за человеком, который что-то «запоганил» — например, испортил общую работу или нарушил обычай. В любом случае, фамилия не ругательная в современном смысле, а историческая, и её носителям не стоит смущаться: за ней стоит живая народная традиция именования.