Фамилия Запылкина — женская форма фамилии Запылкин, а та образована от прозвища Запылка. Слово «запылка» в русских говорах имело несколько значений, и все они связаны с пылью, мелкими частицами или быстрой, порывистой деятельностью. В словаре Владимира Даля «запылить» означает «запорошить пылью», «запачкать», а также «загореться», «вспыхнуть» (о деле или споре). Отсюда и прозвище: Запылкой могли назвать человека, который вечно ходит в пыли, работает с сыпучими материалами (мельник, пекарь, дорожный рабочий) либо, напротив, вспыльчивого, горячего — того, кто «запылился» в ссоре.

Словообразовательная модель проста: основа «запылк-» плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Так, Запылка — сын или внук Запылки. Фамилия встречается преимущественно в центральных и южнорусских регионах, где были развиты мукомольное дело и гончарные промыслы, но точной географической привязки к одному уезду нет. В переписных книгах XVII века подобные прозвища фиксировались среди крестьян и посадских людей, но фамилия Запылкин могла остаться и у однодворцев — потомков служилых людей по прибору.

Интересно, что в некоторых говорах «запылка» означала ещё и «мелкий сор» или «пыльцу на цветах». Это делает прозвище многозначным: предок мог быть либо мучником, либо пасечником, либо просто неряхой. В любом случае, фамилия недворянская, народная, возникла в среде, где прозвища давали по занятию или характеру, а не по имени. Однокоренные фамилии — Запылов, Запыльский, Запылин — встречаются реже и обычно в тех же говорах.

Сегодня фамилия редкая, в реестрах современных носителей не превышает нескольких сотен человек по всей России. Её написание устойчиво: с буквой «ы» в корне и суффиксом -ин, без вариантов через «и».