Фамилия Запыпырко — редкая и нестандартная даже для украинской модели фамилий, к которой она, скорее всего, относится. В глаза сразу бросается суффикс -ко: это классический украинский (реже белорусский или южнорусский) патронимический или уменьшительный формант. В украинской ономастике фамилии на -ко (Тарасенко, Шевченко, Коваленко) образуются от имени или прозвища отца. Однако основа «Запыпыр» не похожа ни на одно распространенное имя.

Попробуем разобрать корень. Первое, что приходит в голову — слово «перец» (укр. перець). В украинских говорах встречаются диалектные формы вроде «пыпець», «пэпэр». Приставка за- в прозвищах часто означала «находящийся за чем-то» или «тот, кто делает что-то чрезмерно». Например, Запорожец — «тот, кто за порогом», а Заперец могло бы значить «тот, кто за перцем» (возможно, торговец, любитель острого или человек с острым языком). Вероятно, сначала существовало прозвище Запыпырь (или Заперець), а затем к нему добавили фамильный суффикс -ко, характерный для южных и центральных областей Украины.

Вторая, менее вероятная версия — связь с глаголом «пырнуть» (уколоть, ткнуть). «Запыпырка» в диалектах могла означать занозу, колючку или нечто, что застряло. Тогда прозвище дали либо колючему, неуживчивому человеку, либо, наоборот, мастеру, который что-то «затыкал» или «запирал» (ср. затычка, задвижка). Но эта гипотеза слабее, так как требует сложной цепочки звуковых изменений.

Географически фамилия почти наверняка происходит из западных или центральных регионов Украины (Винницкая, Хмельницкая, Житомирская области), где суффикс -ко доминирует, а диалектные формы слова «перец» с мягким «п» сохраняются. В русских переписях и метриках XIX века такая фамилия не встречается — это говорит о её исключительно локальном бытовании, возможно, в одном-двух селах.

В итоге: предок носителя фамилии Запыпырко, скорее всего, был украинским крестьянином или казаком, получившим прозвище за связь с перцем (торговец, огородник или просто человек с «перченым» характером). Сама фамилия образована по продуктивной украинской модели: прозвище + суффикс принадлежности -ко.