Фамилия Заукарнаев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного для русского уха суффикса -ов или -ин, хотя окончание -ев указывает на русскую или русифицированную модель образования. Скорее всего, перед нами фамилия, которая возникла на стыке тюркских и русских языковых традиций, вероятно, на Урале или в Поволжье, где исторически жили башкиры, татары и другие народы, тесно контактировавшие с русскими.

Основу фамилии составляет имя или прозвище Заукарна. В тюркских языках (особенно в башкирском и татарском) «Заукар» — это мужское имя арабского происхождения, восходящее к Зуль-Карнайн («обладатель двух рогов»). Так в исламской традиции называют Александра Македонского. Имя Заукар или Заукарнай (с местным окончанием) могло даваться мальчикам в честь этого легендарного правителя. Русский суффикс принадлежности -ев просто присоединился к уже готовой основе: Заукарна + ев = «сын или потомок Заукарны».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла образоваться от прозвища, связанного с каким-то ремеслом или занятием. В некоторых тюркских диалектах есть слово, близкое к «заукар» — так могли называть мастера по обработке металла или человека с необычной внешностью (например, с кудрявыми волосами, напоминающими «рога»). Однако первое объяснение — через имя — выглядит предпочтительнее, так как фамилии, образованные от личных имён, встречаются гораздо чаще, чем от редких прозвищ.

Географически носители фамилии Заукарнаев встречаются в основном в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Это подтверждает версию о башкиро-татарских корнях. Социальный состав предков мог быть разным: от крестьян и ремесленников до служилых людей, но точных данных нет. Фамилия не попала в дворянские родословные книги и не фиксировалась в массовых переписях центральной России, что говорит о её локальном, региональном бытовании.

Если сравнивать Заукарнаева с однокоренными фамилиями, то можно заметить, что параллельные формы — Заукарнай, Заукарнов, Заукарнаевский — практически не встречаются. Это делает фамилию уникальной в своём роде: она сохранила исходное имя почти без изменений, лишь добавив русское окончание. Такое сочетание тюркского корня и русского суффикса — типичная история для фамилий, которые оформились в XVIII–XIX веках при переходе народов Поволжья и Приуралья на русскую паспортную систему.