Фамилия Зайнаудинова — редкий случай, когда происхождение можно проследить почти по слогам, и это сразу даёт ответ на главный вопрос. Она образована от мужского имени Зайнаудин, которое, в свою очередь, составное арабское. Первая часть «зайн» означает «красота», «украшение», вторая — «уддин» — «вера», «религия». В сумме Зайнаудин — «краса веры» или «украшение религии». Это типичное для мусульманского мира теофорное имя, прославляющее ислам.

Фамилия построена по русской патронимической модели: к основе Зайнаудин добавили суффикс -ов, а затем женское окончание -а. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Зайнаудинова — «дочь (или жена) Зайнаудина». Такая модель массово закрепилась у народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, когда при документальном оформлении в XIX–XX веках к местным именам механически добавляли русские фамильные суффиксы. В отличие от исконно русских фамилий, где Зайнаудин могло быть прозвищем, здесь это прямое перенесение личного имени отца.

Географически фамилия тяготеет к регионам с традиционным исламом: Дагестан, Чечня, Татарстан, Башкортостан, а также к казахской и узбекской среде. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером родовой линии: носители Зайнаудиновых, скорее всего, потомки конкретного человека по имени Зайнаудин, жившего не позднее начала XX века. Вариант с конечным -а однозначно указывает на женщину, но в русской традиции фамилия склоняется по падежам как мужская, так и женская форма.

Стоит заметить, что в некоторых тюркских языках имя могло звучать как Зайнудин или Зайнулла, но форма Зайнаудин — более архаичная, с полным огласовочным рядом. В советских паспортах её часто записывали на слух, поэтому возможны варианты Зайнаудинов, Зейнаудинов, но корень остаётся тем же. Если вы ищете историю своего рода, ключ — именно в этом имени: оно не вымышленное и не прозвищное, а книжное, религиозное, что говорит о грамотности или духовном статусе предка, давшего имя.