Фамилия Зайпаев — редкая и неочевидная с точки зрения корня. Если отбросить типичное окончание -ев, указывающее на «сына» или «потомка» человека с прозвищем, то в основе лежит слово «зайпа». В русском литературном языке его нет, но в южнорусских и украинских говорах «зайпа» — это заячья губа (расщелина верхней губы) или человек с такой особенностью. Прозвище Зайпа, хоть и неласковое, было вполне в духе древнерусской традиции давать имена по внешним приметам: Кривой, Шепель, Губа. Сын такого человека и становился Зайпаевым.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная в тюркоязычной среде — связь с тюркским корнем «зайып» (ущербный, имеющий недостаток) или «зайып» в значении «пропащий». В таком случае фамилия могла возникнуть у поволжских татар или башкир, где встречаются схожие по звучанию фамилии. Однако русский суффикс -ев указывает на то, что оформлялась фамилия уже в русской среде, скорее всего, при крещении или переходе в православие.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Ростовской области, Краснодарскому краю, а также к Поволжью. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении, возможно, от одного конкретного рода. Сословного барьера у фамилии не было: прозвище Зайпа могли дать и крестьянину, и казаку, и посадскому человеку. В документах XVI–XVII веков подобные прозвища встречаются в писцовых книгах, но конкретная фамилия Зайпаев, судя по всему, оформилась не ранее XVIII века.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Зайцев, Зайченко — показывает разницу: Зайцев от животного, а Зайпаев от телесного недостатка. Это ставит фамилию в один ряд с такими же «анатомическими» прозвищами, как Губин, Носов, Щербаков. Носителям фамилии стоит помнить, что в основе лежит не обидное слово, а старинный способ идентификации человека в общине, где каждый был на виду.