Фамилия Зайпутдино — редкий случай, когда окончание не даёт сразу понять, с каким языком мы имеем дело. На первый взгляд, перед нами типичная русская фамилия на -о, как, например, Дурново или Благово. Но если присмотреться к основе «Зайпутдин», становится ясно: корни здесь тюркские, скорее всего татарские или башкирские. Окончание -о в такой фамилии — результат поздней русификации, когда фамилию подогнали под привычную модель склонения. Встречается такое в основном у поволжских народов, особенно в смешанных русско-татарских сёлах.

Основа «Зайпутдин» — это искажённое арабское имя Зайнутдин (Zayn al-Din). В переводе с арабского оно означает «украшение веры» или «краса религии» (от «зайн» — красота, украшение и «дин» — вера, религия). Это имя было широко распространено среди мусульманских народов, и в тюркской среде оно часто упрощалось в произношении: «Зайнутдин» превращалось в «Зайпутдин» из-за редукции гласных и замены «н» на «п» под влиянием местных говоров.

Модель образования фамилии Зайпутдино нестандартна. Обычно татарские фамилии образуются через суффиксы -ов/-ев (Зайнутдинов) или реже -ин. Здесь же мы видим застывшую форму с окончанием -о, что характерно для фамилий, которые в русском языке стали склоняться как существительные среднего рода. Такая особенность могла возникнуть, если фамилию дали по прозвищу или отчеству в форме «Зайпутдино дитя» — то есть «ребёнок Зайпутдина». Позже эта форма закрепилась как наследственная.

Географически фамилия Зайпутдино тяготеет к Татарстану, Башкортостану и прилегающим областям — Оренбургской, Челябинской, Самарской. Встречается она редко, и это говорит о том, что род мог быть немногочисленным либо происходить из одного конкретного села. Носители фамилии — потомки тех, кто носил имя Зайнутдин, скорее всего, крестьяне или ремесленники, принявшие фамилию в XIX веке после массового учёта населения.

Сравнить Зайпутдино можно с фамилиями вроде Бикбулатово или Ишмуратово — они тоже образованы от тюркских имён с тем же окончанием. Но у Зайпутдино есть особенность: основа сохранила разговорное, «народное» произношение, а не книжное Зайнутдинов. Это делает фамилию ценной для диалектологов — она фиксирует живое звучание имени в поволжском говоре.