Фамилия Зайсбергер — один из наглядных примеров того, как немецкая фамилия, попав в русскую среду, почти не изменила своего звучания. Это составная фамилия, типичная для немецкой ономастической традиции, где вторая часть (-berger) указывает на географическое происхождение, а первая (Зайс-) — на конкретный топоним или прозвище.

Разбор по частям даёт почти прозрачную картину. Основа «Зайс» (Seis) — это либо сокращение от имени собственного (например, от Зейфрид или Зигисмунд), либо указание на конкретное место. Вторая часть «-бергер» (Berger) восходит к немецкому «Berg» — гора. В буквальном смысле «Зайсбергер» — «человек с горы Зайс» или «тот, кто родом из Зайсберга». В немецкоязычном мире существует несколько населённых пунктов с названием Seis или Seisberg, в том числе в Южном Тироле (современная Италия) и в Австрии. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из одного из таких мест.

Модель образования фамилии — стандартная для южнонемецкого и австрийского ареала. Суффикс -er в немецких фамилиях выполняет ту же роль, что и русский суффикс -ский: он превращает название места в указание на жителя. То есть Зайсбергер — это не прозвище по профессии или внешности, а указание на родину или место проживания предка. Такие фамилии часто возникали в эпоху позднего Средневековья, когда крестьяне и ремесленники переселялись из деревни в город или из одного региона в другой, и их начинали называть по месту, откуда они пришли.

С точки зрения социальной истории, фамилия Зайсбергер не несёт в себе указания на дворянство или высокий статус. Berger — одна из самых распространённых основ в немецких фамилиях, и её носители могли быть крестьянами, виноделами или ремесленниками. Однако приставка «Зайс» делает фамилию заметно более редкой, чем просто Бергер или Бергман. В России эта фамилия встречается в основном у потомков немецких колонистов, переселившихся в Поволжье, Новороссию или на Волынь в XVIII–XIX веках. В метрических книгах лютеранских приходов Российской империи фамилия Зайсбергер фиксируется с конца XVIII века.

У фамилии есть несколько вариантов написания: Цайсбергер, Зайсберг, а также Зейсбергер — это связано с разной передачей немецкого дифтонга «ei» на русский язык (как «ай» или «ей»). В дореволюционных документах можно встретить написание «Зейсбергеръ».