Фамилия Зебоде, скорее всего, образована от аналогичного прозвища, которое имеет сложную стуктуру и состоит из двух частей. Первая из них - «зе» - вероятно, восходит к верхненемецкому слову sē, котрое переводится на русский язык как «озеро». Второй компонент - «боде» - ведет начало от нижненемецкого слова bōde («маленький дом»). Вполне возможно, что основатель рода Зебоде жил в небольшом доме на берегу озера. Согласно другой гипотезе, фамилия происходит от топонима Зеебоден (нем. Seeboden). Так называют ярморочную коммуну в Австрии, в федеральной земле Каринтия. В таком случае можно предположить, что родоначальник Зебоде состоял на службе в этих местах. Менее вероятно, что фамилия связана с арамейским именем Zebedeo, которое означает «служитель бога Зеба».