Фамилия Зегря — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русской ономастике она стоит особняком, и разбирать её стоит не через привычную модель «отчество от крестильного имени», а через географию и возможные заимствования.

Первое, что бросается в глаза, — окончание -я. В русских фамилиях такое окончание встречается, но чаще как русификация иноязычных основ (например, фамилии польского или украинского происхождения, оканчивающиеся на -я, вроде Гуля или Шкваря). Сама основа «Зегр-» ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах не фиксируется. Это заставляет искать корни за пределами великорусской территории.

Наиболее вероятная версия — молдавское или румынское происхождение. В румынском языке есть слово «zegre» (форма множественного числа от «zegră»), которое в диалектах означает «черепица» или «гонт». Носитель фамилии Зегря мог быть потомком кровельщика или ремесленника, делавшего черепицу. Суффикс -я в данном случае — типичное румынское окончание фамилий (сравните с фамилиями Крянгэ, Рошу, хотя там другая фонетика), которое при переносе в русскую среду сохранилось без изменений. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия встречается в Молдавии и среди выходцев из Бессарабии.

Вторая, менее распространённая гипотеза, отсылает к тюркским языкам. В некоторых тюркских наречиях «зегр» или «зегер» может означать «седло» или «сбруя». Тогда прозвище Зегря могло получить шорник или всадник. Однако эта версия слабее, так как фамилии с таким окончанием у тюркских народов скорее исключение, чем правило, и обычно они проходят через дополнительную русскую обработку (например, Зегреев).

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Зегря — это, скорее всего, «застывшее» прозвище или этникон, не прошедшее через стандартные русские суффиксы -ов/-ев или -ин. Это указывает на то, что предки носителя фамилии, вероятно, не были исконно русскими крестьянами, а попали в русскую среду из другого культурного ареала, сохранив исходную форму фамилии без изменений. Сословная принадлежность могла быть разной: от ремесленников до казаков (в Бессарабии и на юге России фамилии такого типа нередки среди казачества).