Фамилия Зелиницина — редкий случай, когда при разборе сразу натыкаешься на ловушку. На слух она кажется производной от «зелени» или «зелья», но на деле её основа — не цвет, а имя. В основе лежит крестильное имя Зиновий, которое в русских говорах превращалось в Зиня, Зина, а от них — в уменьшительную форму Зиница. Дальше сработала народная этимология: непривычное «Зиница» переосмыслили как более понятное «Зелиница», связав с зеленью. Такая замена — не редкость; например, фамилия Зиновьев тоже от Зиновия, но по другой модели.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зелиницина — буквально «дочь или жена Зелиницы». Так в старых русских семьях называли женщину по мужу или отцу, а потом фамилия закрепилась за потомками. Мужской вариант — Зелиницин. Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России, где диалектная перестройка имён шла активнее.

Есть и более прямолинейная, но менее вероятная версия: от прозвища Зеленица — так могли назвать человека, связанного с зеленью, например, торговца зеленью или огородника. Но против этого говорит редкость фамилии: если бы корень был прозрачным, таких фамилий было бы больше. А вот имя Зиновий, давшее множество форм, встречается в основе неожиданных фамилий вроде Зинин, Зинкин, Зинухин — Зелиницина стоит в том же ряду, просто с более сильным фонетическим сдвигом.

Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях она почти не мелькает, что подтверждает её локальный и поздний характер — окончательно оформилась уже в XIX веке, когда фамилии массово давали бывшим крепостным.