Фамилия Зелогонов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она кажется связанной с цветом (зелёный), но если прислушаться к произношению, слышится скорее «Зел-огон», а не «Зелёный-гон». Это ключевая зацепка.

Скорее всего, в основе фамилии лежит прозвище Зелогон. В нём два корня: «зел(ёный)» и «гон(ить)». Прозвище могли дать человеку, который занимался перегоном или перевозкой чего-то зелёного. Самый вероятный вариант — торговля или доставка зелени (овощей, травы, сена) на рынок. В крестьянской среде «зеленью» называли не только овощи, но и молодые всходы, корм для скота. Зелогон — тот, кто гонит зелёный товар, то есть возит его на продажу.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище по характеру или внешности. «Зелёный» в народной речи могло означать «молодой, неопытный» (ср. «зелёный юнец»). «Гон» — от глагола «гнать» в значении «быстро идти, бежать». Тогда Зелогон — прозрачное прозвище для торопливого парня или неопытного, но резвого работника.

Фамилия образована по стандартной русской модели: прозвище + патронимический суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Зелогонов — сын Зелогона. Это типичный способ образования фамилий в центральной России и Поволжье в XVII–XIX веках.

Географически фамилия крайне редкая. В современных базах данных она встречается единично, в основном в центральных регионах России. Это говорит о том, что род был немногочисленным и не разветвлённым. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — прозвище по роду занятий указывает на простое, ремесленное или торговое происхождение.

Однокоренных фамилий с корнем «зел-» много (Зеленин, Зеленов, Зеленский), но «Зелогонов» стоит особняком из-за второго корня. Это не «цветовая» фамилия, а профессиональное или прозвищное имя, которое со временем забылось и осталось только в фамилии.