Фамилия Зэнекен — редкий случай для русского ономастикона. Её звучание и написание выдают нерусское происхождение, и здесь как раз тот случай, когда география поиска предков может быть важнее разбора корня.

Скорее всего, перед нами фамилия немецкого или голландского происхождения. В немецком языке суффикс -кен (‑ken) — это уменьшительно-ласкательная форма, характерная для нижненемецких диалектов (север Германии). Она аналогична южнонемецкому -ль или русскому -к-(а). Основа Зэн (Sähn, Sehn) может восходить к личному имени Зигфрид (Siegfried) или к слову «сын» (Sohn) в диалектном произношении. Таким образом, Зэнекен могло означать «маленький Зэн» или «сынок Зэна» — прозвище или фамилия, данная по отцу.

Другая версия, более редкая, — фламандское или голландское происхождение. В Нидерландах фамилии с окончанием -кен (Zeeneken) встречаются в провинциях Лимбург и Гелдерланд. Там корень мог быть связан с профессией: от слова «zeen» (сухожилие, жила) — так могли прозвать живодёра или кожевника, работавшего с сухожилиями. Но эта версия менее вероятна, так как прозвища по ремеслу обычно образовывались напрямую, без уменьшительного суффикса.

Для носителя фамилии Зэнекен в России ключевой момент — история появления. Такие фамилии обычно привозили с собой немцы-колонисты при Екатерине II (вторая половина XVIII века) или переселенцы из Прибалтики. В метрических книгах немецких колоний Поволжья и Причерноморья фамилия могла записываться по-разному: Зенекин, Зенекен, Зэнекен. Если ваши предки были лютеранами или католиками, стоит искать их в списках колонистов, а не в православных исповедных ведомостях.

Из-за редкости фамилии в России её не встретишь в классических словарях русских фамилий. Это не крестьянская фамилия на -ов или -ин, а скорее след западноевропейской миграции. Если хотите узнать точнее, ищите написание Zehneken или Säneken в немецких архивах — там она сохранилась в исходном виде.