Фамилия Зейдотас — редкий случай, когда географическое происхождение почти очевидно, а вот значение приходится восстанавливать по крупицам. Она явно литовская или жемайтийская: окончание -ас (в мужском роде) или -ене/-уте (в женском) — один из главных маркеров литовских фамилий. В русской передаче фамилии балтийского происхождения часто теряют окончание, но здесь оно сохранилось, что указывает либо на позднюю русификацию, либо на то, что носители долго жили в среде, где литовский язык оставался бытовым.

Основа Зейдот- восходит к литовскому «žeidoti» — «ранить, причинять боль, оскорблять». Это не ремесло и не имя, а прозвище по характеру или поведению. Так могли назвать человека обидчивого, язвительного или, наоборот, того, кто сам часто задевал других словом или делом. В литовской антропонимии такие прозвища на -otas не редкость: они образовывались от глаголов и описывали устойчивую черту. То есть Зейдотас — буквально «ранящий», «обидчик», но в бытовом, не криминальном смысле.

Версия о связи с еврейской фамилией Зейдман или Зейде (от идиш «зейде» — дед) маловероятна: окончание -ас для ашкеназских фамилий нетипично, а географическое распространение Зейдотас — запад Литвы, Жемайтия, где еврейские общины говорили на литовском, но фамилии образовывали по другой модели.

Сословно фамилия не привязана: прозвища на -отас встречались и у крестьян, и у мелкой шляхты. Если предки были жемайтийскими крестьянами, то фамилия закрепилась в XIX веке, после отмены крепостного права, когда литовцам массово давали фамилии по прозвищам. Если же носители — потомки литовских бояр, фамилия могла быть старше, но документальных подтверждений этому нет.

Известных носителей с такой фамилией в публичном поле почти нет — это редкая, локальная фамилия, которая не «расползлась» по империи. Встречается она в основном в Литве и среди литовских диаспор в США и Австралии.