Фамилия Зэйза — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями: в русском языке нет ни слова «зэйза», ни близкого по звучанию прозвища или имени. Скорее всего, это транслитерация или адаптация иноязычной фамилии, возможно, немецкой, еврейской или прибалтийской.

Если отталкиваться от звучания, наиболее вероятна немецкая основа. В немецком есть фамилия Seise (произносится «зайзэ») — она восходит к средневерхненемецкому seise, что означало «коса» (инструмент для косьбы). Такая фамилия могла быть прозвищем косаря или человека, который изготавливал или продавал косы. При записи в русских документах немецкое Seise могло превратиться в Зэйза через замену начального S на З и оглушение конечного гласного. Другой вариант — идишское или ивритское имя Цейза (Цайза), которое при русификации давало похожий результат.

Фамилия Зэйза не входит ни в один из распространённых типов русских фамилий. В ней нет суффикса -ов/-ев, -ин, -ский, -их, характерных для исконно русских моделей. Это указывает на позднее появление фамилии в России — скорее всего, в XIX — начале XX века, когда фиксировали фамилии переселенцев или иностранцев. Географически такие фамилии встречаются в регионах, куда приглашали немецких колонистов (Поволжье, Новороссия), или среди еврейского населения западных губерний.

Написание через З и окончание -а подсказывает, что фамилия могла быть адаптирована по женскому роду (как, например, украинские или польские фамилии на -а), но это не обязательно: в русской традиции иноязычные фамилии часто оставляли без изменений по падежам. Склонять Зэйза можно и как мужскую (Зэйзы, Зэйзе), и как женскую (не склоняется), но в быту чаще оставляют неизменной.

Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, имеют узкую родословную линию, восходящую к конкретному предку-носителю исходной фамилии. Найти точное значение можно только через архивные документы или ДНК-тесты, но рабочая гипотеза — немецкое «коса» или еврейское личное имя.