Фамилия Жаконис — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и сразу бросается в глаза нехарактерное для славянских фамилий окончание -ис. Это ключ к разгадке: перед нами, скорее всего, фамилия литовского или жемайтского корня.

В литовском языке суффикс -onis (в русифицированной записи — -онис) образует фамилии от прозвищ или названий занятий. Основа «Жак» (Žakas) может быть вариантом литовского слова žagis — «соха» или «плуг». В таком случае Жаконис — это «сын пахаря» или «тот, кто связан с плугом». Вторая версия отсылает к личному имени Жакас, которое является литовской формой польского имени Якуб (Яков). Тогда фамилия означает «потомок Якова».

Написание через «о» (Жаконис, а не Жаконис) указывает на то, что фамилия прошла через русскую письменную традицию. В оригинале она звучала бы как Žakonė или Žakonis, но при записи в метрических книгах и паспортах XIX века литовский суффикс -onis часто передавали как -онис, а корень адаптировали под кириллическое произношение. Эта фамилия распространена на территории бывшей Ковенской и Виленской губерний — на северо-западе современной Беларуси и в Литве.

Сословная принадлежность носителей фамилии Жаконис в XIX веке — почти исключительно крестьяне или однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано, что подтверждает её «земледельческое» происхождение. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев, эта фамилия сохранила архаичную патронимическую форму без славянской суффиксации, что делает её ценным маркером балтийского культурного слоя в восточноевропейской ономастике.