Фамилия Жаковка — редкая и нестандартная. Её бросающаяся в глаза особенность — суффикс -к(а), который в русских фамилиях почти не встречается в роли фамильного окончания. Обычно -ка — это уменьшительная или пренебрежительная форма имени или прозвища (Ванька, Петька), но в качестве закреплённой фамилии такое окончание для русского языка нетипично. Чаще всего фамилии на -ка имеют украинское, белорусское или польское происхождение, где эта модель распространена (например, украинские фамилии типа Шинкаренко со временем могли упрощаться до Шинкарка). Поэтому первая версия: Жаковка — это украинская или белорусская фамилия, образованная от прозвища Жак или Жако с добавлением суффикса -овк(а), который указывал на принадлежность к роду (буквально «дочь» или «жена» Жака). Со временем такое именование закрепилось как наследственное.

Вторая, более правдоподобная версия — топонимическая. Фамилии на -ка часто давали людям по названию деревни или хутора: человек, переселившийся из села Жаковка, получал прозвище по месту выхода. В России и Беларуси встречаются небольшие населённые пункты с корнем Жак- (например, хутор Жаков в Ростовской области или деревня Жаково в Вологодской). Если предки Жаковки жили в такой местности, фамилия просто указывает на их малую родину.

Сам корень Жак- восходит либо к имени Жак (французская форма Якова, занесённая через польское влияние), либо к прозвищу от диалектного глагола «жакать» — картавить, говорить невнятно, либо от слова «жак» в значении «пиджак» или «куртка» (в южных говорах). Последнее могло закрепиться за портным или человеком, носившим необычную одежду.

В официальных документах фамилия могла писаться через «о» (Жаковка) или через «а» (Жакаўка) в белорусской традиции. Из-за редкости её носители, скорее всего, сосредоточены в западных областях России, на юге Беларуси или в украинском Полесье. Сословной привязки нет: фамилия могла принадлежать как крестьянам, так и мещанам, но аристократической она точно не была — слишком «простая» по форме.